有研究表明肠道微生态与甲状腺疾病关系密切。甲状腺功能亢进患者肠道中双歧杆菌和乳酸杆菌等有益菌数量显著减少，厚壁菌门等潜在有害菌比例增加。甲状腺功能减退患者肠道中拟杆菌门数量减少，肠杆菌门数量增加。在甲状腺癌方面，患者肠道菌群组成与健康人群存在显著差异。通过益生菌、益生元、粪便微生物移植等肠道微生态调节策略有助于甲状腺疾病的治疗