人体微生物种类繁多，数量巨大，它们共同组成了人体微生态系统。由于受到复杂繁多的人体内外因素的影响，因而人体微生态系统是一个非常复杂的系统。

按照正常微生物群在微生态系统中所占的空间不同把人的微生态系统分为以下几类：人类口腔微生态系统、人类胃肠道微生态系统、人类泌尿道微生态系统、人类生殖道微生态系统、人类皮肤微生态系统和人类呼吸道微生态系统。各系统正常菌群总数量达到百万亿计，总重量相当于肝脏的重量，其中肠道内的正常菌最多，占人体正常菌群总量的78%左右。这些正常菌群自我们离开母体呱呱落地就开始定植，并伴随终身。经过漫长的生物进化过程，正常菌群与人体处于共生状态，并与人体建立起密切的关系，对促进人体生理机能的完善尤其是免疫功能的成熟起非常重要的作用。它们与机体已形成相互依存、互为利益、相互协调又相互制约的统一。这种统一体现了人类微生态的动态平衡，平衡则健康，失衡则致病。