微生态是指微观系统的生态环境和关系，包括微生物生态、动植物微观生态以及遗传尺度上的微观生态。其特征在于具有相对性和绝对性。与人类最为密切的微生态是人体微生态。人体微生态包含超过1000种菌种，数量达到100亿个(相当于人体细胞总数的10倍)，重量约为1271克，相当于肝脏的重量。其中，99%的菌种为专性厌氧菌，以双歧杆菌和类杆菌为主；另外1%为兼性厌氧菌，以乳酸杆菌为代表。

人体微生态系统主要包括口腔、呼吸道、胃肠道、泌尿道和皮肤五大生态系统。其中，肠道微生态是人体内最主要且最复杂的微生态系统，占人体总微生物量的68%。肠道内存在着约500~1000种以上的细菌，此外，人体内还存在着有益病毒群、有益真菌群、有益螺旋体群等。这些细菌多达1000余种，它们在胎儿出生后的2小时内即进入人体，从此终生相伴直至人体死亡。各种细菌之间、细菌与人体之间和平共处，共同维持人体的微生态平衡。